Le PraenaTest®-L’ analyse en laboratoire

Réalisation du test exclusivement en Allemagne conformément à la législation allemande et européenne

Le PraenaTest® est le seul DPNI à être développé et réalisé exclusivement en Allemagne conformément à la législation allemande et européenne. La procédure d’analyse dans notre laboratoire de diagnostic de Constance selon la méthode du random massively parallel sequencing (rMPS) est décrite dans ce qui suit. Le résultat est clair et il n’y a pas d’évaluation du risque.

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1. Recueil d’ADN libre dans l’échantillon sanguin

Pour commencer, le plasma du sang maternel est isolé. L’ADN libre est ensuite extrait du plasma sanguin. Il provient de la mère et de l’enfant à naître et les deux ne sont pas dissociés.

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2. Détermination de l’ADN fœtal libre

Un minimum de 4 % d’ADN fœtal (8 % dans le cas de grossesses gémellaires) mélangé à l’ADN maternel est nécessaire pour permettre une analyse correcte. Pour commencer, la proportion d’ADN fœtal libre dans l’ADN libre total est déterminée à l’aide d’un dosage propriétaire (QuantYfeX®). Si elle est trop faible, il est recommandé de prélever un nouvel échantillon sanguin plus tard au cours de la grossesse.

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3. Séquençage de l’ADN (next generation sequencing)

Pour pouvoir procéder au séquençage de l’ADN, les fragments d’ADN présents en faible quantité sont auparavant stockés dans une génothèque et reproduits. L’ADN est ensuite décrypté par des analyseurs ultramodernes au moyen de la méthode random massively parallel sequencing (rMPS). Environ 15 millions de séquences sont produites pour chaque échantillon.

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BAnalyse bioinformatique des données avec le logiciel PraenaTest® DAP.plus

4. Analyse bioinformatique des données avec le logiciel PraenaTest® DAP.plus ayant le marquage CE

L’objectif est de déterminer si le nombre de séquences pour le chromosome examiné est au-dessus de la norme, qui correspond à l’euploïdie, c’est-à-dire d’un jeu de chromosomes normal. Pour cela, les 15 millions de séquences générées sont d’abord triés selon des critères de qualité déterminés à l’aide d’un génome humain de référence. Environ 6 millions de ces séquences peuvent être utilisés pour l’analyse suivante. Ces séquences se distinguent par le fait qu’on ne les trouve qu’une fois dans une région déterminée du génome humain et qu’elles concordent entièrement avec le génome de référence. La quantité de séquences attribuées par chromosome est ensuite calculée. (Fig. de gauche)

 

Puis ce que l’on appelle le z-score est calculé en tenant compte du pourcentage de séquences attribuées par chromosome par rapport au nombre total de 6 millions de séquences attribuées. Le z-score est une valeur statistique qui permet de déterminer si l’échantillon analysé présente une anomalie chromosomique. Il est calculé pour le chromosome examiné pour un échantillon. Les valeurs limites du z-score qui permettent de différencier un résultat positif d’un résultat négatif sont différentes pour les trisomies 21, 18 et 13 en raison de facteurs biologiques et analytiques. Pour le dépistage des aneuploïdies gonosomiques (syndromes de Turner, triple X, de Klinefelter et XYY), des critères d’évaluation complémentaires sont utilisés, de telle sorte que le z-score n’est pas concluant à lui seul.

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5. Interprétation du résultat du PraenaTest® et préparation du compte rendu

Le résultat est ensuite interprété et consigné dans le compte rendu. Le diagnostic ainsi que la consultation génétique qui lui est associée (en Allemagne, conformément à l’article 10 de la GenDG [loi allemande relative au diagnostic génétique]) sont réservés au médecin. Le médecin peut donc décider, sur la base du résultat communiqué ainsi que dans le contexte de tous les autres résultats cliniques pertinents, soit exclure, soit confirmer avec une grande certitude la présence de l’une des anomalies chromosomiques recherchées.

Calcul du z-score sur la base de l’analyse du chromosome 21

 

Dans un échantillon euploïde, environ 76 000 séquences peuvent être attribuées au chromosome 21. Le pourcentage de ces séquences par rapport au nombre total de 6 millions de séquences est de 1,27 % (fig., échantillon 1). Si une trisomie 21 fœtale, c’est-à-dire une copie supplémentaire du chromosome 21, est présente dans un échantillon, le nombre de séquences attribuées au chromosome 21 est cependant d’environ 79 0000. Dans ce cas, le pourcentage est de 1,32 % (fig., échantillon 2). Pour le calcul du z-score pour un chromosome donné, on compare ce pourcentage et le pourcentage pour un collectif de référence (c.à.d. un ensemble d’échantillons euploïdes). S’il diffère de la médiane du collectif de référence dans une mesure déterminée, une trisomie fœtale peut être constatée avec un degré de certitude élevé pour l’échantillon concerné. Des z-scores < 3 sont caractéristiques de grossesses sans trisomie 21 fœtale. La distribution des z-scores de ces grossesses correspond à la loi normale (loi de Gauss). Des z-scores ≥3 sont des indices de la présence d’une trisomie 21 fœtale.

 

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Calcul du z-score du chromosome 21

 

>Études cliniques

 

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