PraenaTest® – Klinische Studien

Aussagekraft des PraenaTest® bei Einlings- und Zwillingsschwangerschaften und gonosomalen Aneuploidien

Der PraenaTest® wurde an insgesamt 870 Proben von Einlings- und Mehrlingsschwangerschaften in mehreren Studien erfolgreich validiert und liefert bei 99,8% aller durchgeführten Analysen ein eindeutiges Ergebnis. Untenstehend erhalten Sie detaillierte Daten zur Testgenauigkeit des PraenaTest® aus unseren diversen klinischen Studien.

Aussagekraft des PraenaTest® bei Einlingsschwangerschaften

Daten zur Leistungsbewertung des NGS-basierten PraenaTest® aus Studien in 2012/2013

Die Aussagekraft des PraenaTest® wurde mittels Studien, an denen die LifeCodexx AG massgeblich beteiligt war, validiert. Im Rahmen einer europäischen Validierungsstudie (EVS) wurden insgesamt 468 Blutproben analysiert und ausgewertet. Im Rahmen einer weiteren Studie mit Proben der Partner-Firma Sequenom Inc., USA, (Sequenom Collective Study, SCS) wurden 340 Proben analysiert und ausgewertet. Die zusammenfassende Leistungsbewertung umfasste somit die Analyse von insgesamt 808 Blutproben mit 75 Trisomie-21-Fällen (EVS 41, SCS 34), 14 Trisomie-18-Fällen (EVS 8, SCS 6), und 8 Trisomie-13-Fällen (EVS 5, SCS 3). Es wurden 806 der 808 Blutproben korrekt klassifiziert (99,8%) (Tabelle 1). Im Rahmen der EVS war ein Ergebnis falsch-negativ für Trisomie 21 und ein Ergebnis falsch-positiv für Trisomie 18 (mit auffälligem Karyotyp fur Chromosom 10). Das ergibt eine Gesamt-Sensitivität bezüglich der Trisomie 21 von 98,7% bei einer Falsch-Positiv-Rate von 0% (Tabelle 2). Die Fallzahlen zur Bestimmung der Trisomien 13 und 18 reichen für die Angabe gesonderter Sensitivitäten und Spezifitäten nicht aus.

 

Tabelle 1: Fallzahlen und Gesamtdetektionsraten der fetalen Trisomien 21, 18 und 13 innerhalb der Studienkollektive

 

EVS 2012SCS 2013
Gesamt
Korrekt klassifizierte Proben466/468 (99,6%)340/340 (100%)806/808 (99,8%)
Trisomie 135/5 (100%)3/3 (100%)8/8 (100%)
Trisomie 188/8 (100%)6/6 (100%)14/14 (100%)
Trisomie 2140/41 (97,6%)34/34 (100%)74/75 (98,7%)
Gesamtdetektionsrate53/54 (98,1%)43/43 (100%)96/97 (99,0%)
Falsch-Positiv-Rate1/414 (0,2%)0/297 (0%)1/711 (0,1%)

Tabelle 2: PraenaTest® Sensitivität & Spezifität für die Detektion der fetalen Trisomie 21 bei Einlingsschwangerschaften
(Mosaike sowie strukturelle Aberrationen finden keine Berücksichtigung).

EVS 2012SCS 2013
Gesamt
Sensitivität
(unteres einseitiges 95% KI)
97,6%
(88,9%)
100%
(91,6%)
98,7%
(93,8%)
Spezifität
(unteres einseitiges 95% KI)
100%
(99,3%)
100%
(99,0%)
 100%
(99,6%)

Daten zur Leistungsbewertung der neuen PraenaTest® Option1 zur Bestimmung der fetalen Trisomie 21 (Studie Dezember 2016)

Die Aussagekraft der neuen PraenaTest® Option 1 wurde im Rahmen einer Leistungsbewertung validiert. Die Studienergebnisse der maternalen Plasmaproben (n=966) zeigen eine positive prozentuale Übereinstimmung (PPA, positive percentage agreement; entspricht der Sensitivität) von 100% (niedrigeres 1-seitiges 95% -Konfidenzintervall von 91,8%; n=35/35) sowie eine negative prozentuale Übereinstimmung (NPA, negative percentage agreement; entspricht der Spezifität; n=931/931) von 100% im Vergleich zum NGS-basierten PraenaTest®. Der negative prädiktive Wert (NPV, negative predictive value war 100% (niedrigeres 1-seitiges 95% Konfidenzintervall von 99,68%). Der durchschnittliche Anteil fetaler DNA aller untersuchten Blutproben betrug 8,1%. Bei 54 Blutproben mit einem Anteil fetaler DNA von unter 4% bzw. bis zu 2,4% wurde ein korrektes Testergebnis erzielt.

 

Aufgrund einer 100%-igen positiven sowie negativen Übereinstimmung der Ergebnisse des validierten qNIPT Konzepts (neue PraenaTest® Option 1) mit dem PraenaTest® basierend auf Next Generation Sequencing (NGS), bleibt die finale Testgüte für den PraenaTest® unverändert. Bitte beachten Sie, dass die neue PraenaTest® Option 1 nicht bei Zwillingsschwangerschaft angewendet werden kann. Bitte beachten Sie auch die Limitationen.

 

Mehr zur Methode finden Sie hier.

 

Tabelle 3: Testgüte des PraenaTest® Option 1 für die Untersuchung des Chromosoms 21 bei Einlingsschwangerschaft

 

Studie 2016
Korrekt klassifizierte Proben966/966 (100%)
Trisomie 21 positiv35/35 (100%)
Trisomie 21 negativ931/931 (100%)
Sensitivität
(unteres einseitiges 95%KI)
100% (91,8%)
Spezifität
(unteres einseitiges 95%KI)
100% (-)
NPV
(unteres einseitiges 95%KI)
100% (99,68%)
Aussagekraft des PraenaTest® bei Zwillingsschwangerschaften

Im Rahmen einer Leistungsbewertung des NGS-basierten PraenaTest® für Mehrlingsschwangerschaften wurden 60 Zwillings- sowie 2 Drillingsschwangerschaften untersucht (darunter 16 Proben unserer Partner-Firma Sequenom Inc., USA) (Tabelle 3). Die 6 in den Zwillingsschwangerschaften enthaltenen und durch Karyotypisierung bestätigten Trisomie-21-Fälle (1 x monochorial, konkordant; 5 x dichorial, diskordant) wurden mit dem PraenaTest® korrekt klassifiziert. Alle anderen untersuchten Mehrlingsproben wiesen unauffällige PraenaTest®-Ergebnisse auf. Eine fetale Trisomie 13 oder 18 trat in keiner der untersuchten Mehrlingsschwangerschaften auf, so dass keine Rückschlüsse auf eine PraenaTest®-Genauigkeit hinsichtlich dieser Trisomien bei Mehrlingsschwangerschaften gezogen werden konnen. Es wurden zu wenige Drillingsschwangerschaften untersucht, um eine Leistungsbewertung und Angaben zur Testgenauigkeit für Drillingsschwangerschaften zu treffen.

 

Tabelle 4: Ergebnisse der Leistungsbewertung des PraenaTest® zur Bestimmung der fetalen Trisomien 21, 18 und 13 bei Mehrlingsschwangerschaften

(alle positiven und ein Teil der negativen Ergebnisse (SQNM Studie 2013) wurde mittels Karyotypisierung überprüft)

 

LC Studie 2013SQNM Studie 2013
Gesamt
Korrekt klassifizierte Proben46/46*16/1662/62*
Trisomie 212/24/46/6
Trisomie13/18000
Detektionsrate2/24/46/6
*inklusive 2 Drillingsschwangerschaften

 

Aussagekraft des PraenaTest® bei gonosomalen Aneuploidien

Der NGS-basierte PraenaTest® für die Bestimmung fetaler gonosomale Aneuploidien (Turner-, Triple X-, Klinefelter- und XYY-Syndrom) wurde an insgesamt 434 Proben von Einlingsschwangerschaften untersucht. Dabei wurden 11 von der 12 betroffenen Proben korrekt bestimmt. Darüber hinaus wurden fünf diskordante, „falsch-positive“ Ergebnisse erzielt. Aufgrund der geringen untersuchten Fallzahlen wird die LifeCodexx AG im Moment keine gesonderten Sensitivitäten und Spezifitäten für gonosmale Aneuploidien ausweisen.

 

Tabelle 5: Ergebnisse der Leistungsbewertung des PraenaTest® zur Bestimmung gonosomaler Aneuploidien bei Einlingsschwangerschaften

 

EVS 2012SQNM Studie 2013
Gesamt
Korrekt klassifizierte Proben377/383* (98,4%)51/51(100%)428/434* (98,6%)
Turner-Syndrom7/8 (87,5%)3/3 (100%)10/11 (90,9%)
Triple-X-Syndrom**000
Klinefelter-Syndrom**000
XYY-Syndrom1/1 (100%)01/1 (100%)
Gesamtdetektionsrate8/9 (88,9%)3/3 (100%)11/12 (91,7%)
Falsch-Positiv-Rate5/374 (1,3%)0/48 (0%)5/422 (1,2%)
* Drei Proben mit unauffälligem männlichen Karyotyp wurden als falsch-positiv für das Klinefelter-Syndrom klassifiziert. Bei zwei dieser Proben lag der cffDNA-Gehalt unter 5%. Die dritte Probe zeigte einen auffälligen Chromosom-X-Wert, so dass hier von einem maternalen Triple-X ausgegangen werden kann, welches mittel konventioneller Karyotypisierung im Rahmen der Studie nicht bestimmt wurde. Bei zwei weiteren falsch-positiv klassifizierten Proben für das Turner-Syndrom könnte die Ursache neben eines niedrigen cffDNA-Gehalts auch ein maternales Mosaik sein.
** Das Triple-X- und das Klinefelter-Syndrom wurden unabhängig von dieser Leistungsbewertung im Rahmen von Forschungsprojekten untersucht und erfolgreich bestimmt.

 

Aussagekraft des PraenaTest® bei der 22q11.2 Mikrodeletion assoziiert mit dem DiGeorge-Syndrom und dem Velo-Cardio-Fazialen Syndrom (VCFS oder Shprintzen-Syndrom)

Validierung der Untersuchungsmethode

Es wurden sowohl Daten von künstlich hergestellten DNA-Mischproben sowie mehreren Proben von schwangeren Frauen, deren ungeborenes Kind eine 22q11.2 Mikrodeletion aufwies, mittels Next Generation Sequencing untersucht. In allen Fällen wurde eine 22q11.2 Mikrodeletion korrekt nachgewiesen. Dabei verlief der Validierungsprozess in drei Phasen:


Phase 1

Es wurden vier künstlich hergestellte Proben mit jeweils unterschiedlichem cffDNA-Gehalt (16%, 8%, 4% sowie 2%), die eine 22q11.2 Mikrodeletion aufwiesen, mehrfach analysiert. Die 22q11.2 Mikrodeletion der beiden Proben mit einem cffDNA-Gehalt von 8% und 16% wurde korrekt bestimmt, während die Ergebnisse der Proben mit geringerem cffDNA-Gehalt nicht aussagekräftig waren.

 

Phase 2

Es wurden vier Proben von schwangeren Frauen, deren ungeborene Kinder eine 22q11.2 Mikrodeletion aufwiesen, retrospektiv untersucht und die 22q11.2 Mikrodeletion jeweils korrekt nachgewiesen. Dabei wurde zuvor die 22q11.2 Mikrodeletion bei drei der Proben mittels invasiver Diagnostik bestätigt. Bei der vierten Probe wurde per Ultraschall ein Herzfehler (DORV; Double outlet right ventricle), der mit dem DiGeorge- bzw. Velo-Cardio-Fazialen-Syndrom assoziiert ist, bestätigt. Das DiGeorge-Syndrom wurde nach der Geburt des Kindes bestätigt.

 

Phase 3

In einer abschließenden internen verblindeten Studie wurden Proben aus Phase 2 mit einer 22q11.2 Mikrodeletion sowie euploide Proben untersucht. Alle Proben wurden korrekt klassifiziert. Aufgrund der niedrigen Fallzahl kann eine konkrete Testsensitivität und –spezifität derzeit nicht abgeleitet werden.

 

Korrekt klassifizierte Proben 16/16

Gesamtdetektionsrate 2/2

Falsch-Positiv-Rate 0/14

 

 

 

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